В статье рассмотрена проблема достоверности эндоскопического исследования слизистой оболочки желудочно-кишечного тракта с позиций клинической морфологии. Описаны принцип и методика микроанатомического исследования биоптатов с использованием стереомикроскопии. Предложено использовать метод микроанатомии на этапе эндоскопического исследования для повышения информативности и объективности эндоскопических заключений. В статье представлены примеры, иллюстрирующие использование метода микроанатомии.